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Selon Shacknews la version DS de Duke Nukem Trilogy proposera du scrolling horizontal, des sections en jetpack vues du dessus, des séquences à la troisième personne et peut-être de la 3D isométrique. Sur la PSP, on aura droit à du TPS et du FPS. Machineworks Northwest développe également une version PDA et il n'est pas exclus qu'une version PC voit le jour.

Comme son nom l'indique, Duke Nukem Trilogie sera divisée en trois épisodes qui sortiront séparément à partir de l'été 2009 :

1. Critical Mass : Duke Nukem dans le futur.
2. Chain Reaction : Duke Nukem à notre époque.
3. Proving Grounds : Duke Nukem à la seconde guerre mondiale.

Ce dernier épisode expliquera le nom du héros. Duke Nukem aurait-il largué la bombe nucléaire sur Hiroshima ? Ce n'est pas impossible : "Nous allons faire de Duke le Forest Gump de la 2nd Guerre Mondiale," explique Terry Nagy, le COO d'Apogee. "C'est Duke qui a coulé le Bismark, ce n'étaient pas les britanniques." C'est aussi lui qui a remporté la victoire lors de la bataille d'Iwo Jima :
Croyez-le ou non, mais depuis la sortie de Duke Nukem 3D en 1996, 3D Realms a déjà sorti dix jeux Duke Nukem sur Playstation, N64, Gameboy Color, Gameboy Advance, PC, téléphones portables, etc.