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Le scénariste de Deus Ex 2 nous livre chez PC.IGN une description des différents camps qu'il vous sera possible de rejoindre ou de combattre dans Deus Ex 2 :

• L'OMC (Organisation Mondiale du Commerce - WTO en anglais) s'est métamorphosée en structure quasi-gouvernementale. Elle a installé des enclaves au centre de chaque ville importante et se concentre sur son développement économique.
• L'Eglise de l'Ordre (Order Church) dénonce le matérialisme et l'OMC comme étant à l'origine du "Grand Cataclysme" économique qui a bouleversé le monde vingt ans plus tôt. Elle tente de rallier à elle les hommes en leur inculquant sa sagesse.
• Les créateurs de la Tarsus Academy. Vous aurez la possibilité de mieux comprendre les hommes qui dirigent cette socièté scientifique ainsi que leurs projets.
• Les Chevaliers Templiers, une société militariste dont le dogmatisme n'a rien à envier à l'Eglise de l'Ordre. Ils considérent le corps humain comme un temple ne devant en aucun cas être souillé par des éléments artificiels. Et pourtant... les implants qui peuplent votre corps pourrait bien être l'arme ultime qui leur permettra d'éradiquer une fois pour toute les biomodifications.
• Les cyborgues Omar (ci-contre), ils n'ont plus grand chose d'humain suite aux biomodifications dont ils se sont pourvus. Ils hantent les villes et forment une super-entité grâce aux liens qui unissent leurs esprits.

D'autres factions peuplent l'univers de Deus Ex 2, chacune d'entre elle visant à bâtir sur les ruines du Grand Cataclysme un monde idéal. Toutes les actions que vous entreprendrez durant le jeu seront déterminantes lors de la dernière carte où les factions se retrouveront dans une Battle Royale qui déterminera le dénouement de Deus Ex: Invisible War.